Endoskopia jest sposobem diagnozowania chorób jelita grubego oraz chorób jelita cienkiego. Podczas badania wprowadzona zostaje rura endoskopowa, która na końcu posiada zainstalowaną kamerę. Ta umożliwia diagnoście monitorowanie przewodów narządu i wykrycie nieprawidłowości oraz znalezienie źródła dolegliwości ze strony układu pokarmowego. Badanie jest dość nieprzyjemne, ale jego potencjał jest nieoceniony. Endoskopia umożliwia wykrycie zmian chorobowych, guzów, owrzodzeń, a także pobranie zmienionych wycinków do badań.
Enteroskopia jest zaawansowanym technicznie badaniem, umożliwiającym dokładną ocenę wnętrza jelita cienkiego. Przeprowadzana jest w znieczuleniu ogólnym. Badanie wykonuje się za pomocą endoskopu, który wprowadzany jest do organizmu przez jamę ustną lub odbyt. Pozwala to na dokładne obejrzenie całego odcinka jelita cienkiego, a także na pobieranie wycinków do badań histopatologicznych.
Diagnostyka chorób jelita grubego jest możliwa dzięki kolonoskopii. To metoda umożliwiająca wykrycie schorzenia jelita grubego. Można korzystać z niej profilaktycznie, w celu wczesnego wykrycia raka jelita grubego, który rozwija się powoli i przez długi czas nie daje żadnych objawów. Badanie odbywa się poprzez wprowadzenie przewodu przez odbyt do jelita grubego. Dzięki wtłoczeniu powietrza można zwiększyć widoczność wnętrza jelita. Kolonoskop pozwala też na pobranie zmienionych chorobowo tkanek do dalszej diagnostyki.